Sonic e Eggman lutam pelas Esmeraldas do Caos. A Esmeralda do Caos é uma pedra lendária que dará a quem a possui o poder de controlar o mundo inteiro. Os amigos de Sonic - Tails, Amy, Cream e Cheese - vão apoiá-lo. Sonic invade a base do Dr. Eggman. Entretanto, todas as sete Esmeraldas do Caos ficam juntas, causando um distúrbio espacial Controlo do Caos em larga escala que afasta o Sonic e os seus amigos. Sonic aterra num mundo de humanoides, desperta e fica perplexo com o que vê.