Ash, Misty e Brock visitam a cidade de Greenfield, aonde encontram um mistério que envolve Molly, uma menina que vive numa mansão enorme. Molly perdeu recentemente o seu pai, o Professor Spencer Hale, que desapareceu enquanto estudava os enigmáticos Pokémon Unown. Após encontrar misteriosas pedras com escrituras desses Pokémon, Molly acidentalmente desperta o poder dos Unown, que têm a habilidade de transformar os seus pensamentos e desejos em realidade. Com esses poderes, os Unown criam um mundo de ilusões ao redor de Molly, transformando Greenfield num vasto reino cristalino, aonde os seus sonhos tornam-se em realidade. Com a ajuda dos Unown, Molly imagina Entei, o poderoso Pokémon lendário, como uma figura paterna, e Entei assume esse papel, atendendo a todos os seus desejos. Quando Molly deseja ter uma mãe, Entei sequestra Delia, a mãe de Ash, para satisfazer o desejo da menina. Determinado a resgatar a sua mãe e ajudar Molly, Ash e os seus amigos enfrentam os poderes dos Unown e o protetor Entei.