A história acompanha Taichi Yagami e Yamato Ishida já adultos, enfrentando um momento decisivo das suas vidas. Enquanto tentam conciliar estudos, trabalho e o futuro incerto, eles começam a perceber que o vínculo entre humanos e Digimon não é eterno. Um fenómeno misterioso faz com que crianças escolhidas ao redor do mundo percam os seus parceiros Digimon, colocando em risco o equilíbrio entre os dois mundos. Quando novos ataques surgem e antigos inimigos reaparecem, Agumon e Gabumon voltam a lutar ao lado do Taichi e Yamato, mesmo sabendo que cada batalha pode acelerar a sua separação definitiva. Aos poucos, os protagonistas descobrem que crescer implica escolhas dolorosas e que amadurecer pode significar abrir mão daquilo que mais se ama.