No ano de 2015, o mundo está à beira da destruição. A última esperança da humanidade está nas mãos de Nerv, uma agência especial sob as Nações Unidas, e seus Evangelions, máquinas gigantes capazes de derrotar os anjos que anunciam a ruína da Terra. Gendou Ikari, chefe da organização, procura pilotos compatíveis que possam sincronizar com os Evangelions. Shinji Ikari, de 14 anos, encontra-se com o seu pai pela primeira vez em anos, e a sua vida muda quando ele é levado às profundezas de Nerv e a um destino novo e angustiante. Ele deve conduzir Evangelion da Unidade 01.