Ash, Dawn e Brock chegam à cidade de Álamos para participar de um torneio de Pokémon e visitar as icónicas Torres do Espaço-Tempo, famosas pela sua arquitetura e pelos eventos misteriosos que ocorrem ao redor delas. No entanto, a cidade começa a ser assolada por estranhas distorções no espaço e tempo, e os moradores passam a acreditar que Darkrai, um Pokémon sombrio e incompreendido que aparece nas proximidades, é o responsável. Ash e os seus amigos descobrem que as perturbações não foram causadas por Darkrai, mas pela colisão entre Dialga e Palkia, os Pokémon lendários que governam o tempo e o espaço. A batalha entre os dois deuses ameaça destruir Álamos, e Darkrai, mesmo visto como um vilão, tenta proteger a cidade, usando os seus poderes para conter o caos que se espalha. Enquanto o conflito se intensifica, Ash e os seus amigos unem-se a Darkrai e aos moradores de Álamos para tentar restaurar a paz e impedir que a cidade seja engolida pelas dimensões distorcidas.