Ash, Misty e Brock estão numa floresta e encontram Sam, um rapaz que viajou 40 anos no tempo com a ajuda de Celebi, o Pokémon mítico guardião da floresta. Celebi estava a fugir de um caçador que queria capturá-lo para explorar o seu poder. Após escapar, Celebi e Sam perdem-se no tempo e acabam por aparecer no presente, aonde Ash e os seus amigos os encontram. Enquanto tentam proteger Celebi, enfrentam um novo inimigo, o Mão de Ferro, membro da Equipa Rocket, que possui uma Pokébola sombria capaz de transformar qualquer Pokémon numa versão corrompida e poderosa. Ao capturar Celebi com essa Pokébola, Mão de Ferro força o Pokémon lendário a criar uma criatura gigante de energia, causando destruição na floresta. Determinados a salvar Celebi e restaurar a paz, todos unem-se para libertar o Pokémon e impedir que a floresta seja destruída.