A história passa-se na região de Orange Islands, aonde Ash, Misty e Tracey se envolvem numa profecia antiga que ameaça o equilíbrio da natureza. O enredo gira em torno da relação entre três pássaros lendários: Articuno, Zapdos e Moltres, responsáveis por controlar os elementos de gelo, eletricidade e fogo. Um colecionador de Pokémon chamado Lawrence III tenta capturar esses pássaros lendários com o objetivo de atrair o poderoso Lugia, guardião dos mares. Ao interferir no equilíbrio natural entre os lendários, ele causa um caos climático que ameaça destruir o mundo. Ash é o escolhido, e, com a ajuda dos seus amigos e do Lugia, deve restaurar a harmonia entre as aves lendárias. Enquanto isso, a mítica Pokémon Melody toca uma música especial para ajudar na restauração da paz.