Mewtwo é desenvolvido num laboratório por cientistas financiados pela Equipa Rocket. Ao perceber que foi criado apenas para ser uma arma, destrói o laboratório e começa a planear a sua vingança contra os humanos e os Pokémon. Mewtwo organiza um torneio, convidando os melhores treinadores para uma ilha isolada. Ash, Pikachu, Misty e Brock aceitam o convite e viajam para o local. No entanto, descobrem que Mewtwo está por trás de tudo e pretende dominar o mundo clonando os Pokémon e destruindo os originais. Durante o confronto, Mewtwo e Mew envolvem-se numa batalha épica, representando a luta entre o original e a cópia. A situação intensifica-se quando Mewtwo decide que os clones são superiores aos Pokémon naturais. Ash sacrifica-se para tentar interromper a luta, mas o seu ato de coragem toca o coração do Mewtwo, que aprende sobre o valor da amizade e do respeito. No final, Mewtwo apaga as memórias dos humanos e dos Pokémon, permitindo que todos voltem para casa em paz.