Um dia na região de Kanto, Ash é convidado pelo Professor Yukinari Ookido para a cerimónia de inauguração do laboratório do Professor Sakuragi em Vermillion City. Durante o discurso cerimonial, o professor Sakuragi recebe um alerta de um Pokémon possivelmente raro localizado no porto de Vermillion City, então Ash e os outros treinadores vão para a área na esperança de encontrar o Pokémon misterioso. Eles encontram Lugia, um Pokémon Lendário, em combate com outros treinadores.

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