Blue Dragon acompanha Shu, um rapaz que vive numa pequena aldeia pacífica. A sua vida muda completamente quando descobre possuir um poder lendário: a capacidade de invocar o Blue Dragon, uma poderosa sombra espiritual. Esse poder desperta durante um ataque das forças do maléfico Império de Gran Kingdom, que busca dominar o mundo utilizando criaturas sombrias e armas mágicas. Com esse poder, Shu parte numa jornada para entender a origem do Blue Dragon e aprender a controlá-lo. Ao longo do caminho, ele encontra outros jovens que também possuem “sombras” especiais: Jiro, Kluke, Marumaro, Zola e Bouquet. Cada um deles tem a sua própria motivação para lutar, mas todos se juntam para salvar o mundo.