Ash, Pikachu e os seus amigos viajam ao passado para corrigir uma injustiça contra o lendário Pokémon Arceus, que confiou aos humanos uma jóia poderosa, a Jóia da Vida. Essa jóia foi entregue ao povo de Michina como um ato de bondade, mas quando chegou o momento de devolvê-la, a promessa foi quebrada e provocou um sofrimento grande a Arceus, que decide vingar-se da humanidade. Arceus desperta para julgar a humanidade pela sua traição, desencadeando uma batalha épica entre Pokémon lendários como Dialga, Palkia e Giratina, responsáveis pelo controlo do tempo, espaço e dimensões alternativas. Ao perceber o conflito, Dialga envia Ash e os seus amigos ao passado para salvar a Jóia da Vida e restaurar a confiança entre Arceus e os humanos.