Ash, Pikachu e os seus amigos chegam à cidade de Crown para participar de um torneio de batalhas Pokémon. No entanto, a cidade está em alvoroço devido a uma série de eventos estranhos provocados por Zoroark, um Pokémon com poderes de ilusão que faz com que todos sentem-se atacados pelos lendários Raikou, Entei e Suicune. Descobre-se que Zoroark está a ser controlado por um homem chamado Kodai, que planeja utilizar os seus poderes para prever o futuro e manter o seu poder sobre o mundo dos negócios. Kodai também deseja capturar Celebi, o Pokémon que viaja no tempo, para aumentar o seu próprio poder. Enquanto isso, o verdadeiro objetivo de Zoroark é proteger o seu filho, Zorua, que está à procura do seu parente e acaba por cruzar o caminho de Ash e seus parceiros. Todos unem forças para ajudar Zorua e frustrar os planos de Kodai, impedindo-o de manipular o futuro.