Ash, May, Brock e Max viajam até LaRousse, uma cidade futurística cheia de tecnologia avançada. Eles encontram Tory, um rapaz que tem medo de Pokémon devido a um trauma de infância. Enquanto exploram a cidade, um Pokémon misterioso alienígena chamado Deoxys reaparece, após ter sido destruído e revivido por um meteoro há quatro anos. O retorno de Deoxys desperta a atenção de Rayquaza, o guardião lendário dos céus, que o vê como uma ameaça. Isso desencadeia uma batalha feroz entre os dois Pokémon, colocando a cidade e os seus habitantes em perigo. Ash e os seus amigos trabalham juntos para acalmar a situação e ajudar Tory a superar os seus medos, enquanto descobrem que Deoxys apenas busca reencontrar o seu par, representado por outro cristal semelhante a ele.